奥地利内外分治的局面，直至1490年外奥地利公爵家族绝后才得以结束。哈布斯堡家族领地再次归由一位公爵统领。重登神圣罗马帝位1422年，内奥地利公爵阿尔布雷希特五世迎娶了神圣罗马皇帝兼匈牙利及波希米亚国王西吉斯蒙德唯一的庶女卢森堡的伊丽莎白，并被指定为西吉斯蒙德的继承人。1437年，西吉斯蒙德病逝，阿尔布雷希特于次年陆续即位为德意志国王、匈牙利国王及波希米亚国王（阿尔布雷希特二世，未加冕为皇帝）。由此以后，哈布斯堡家族一直把持神圣罗马帝国皇位(1742年-1745年间除外)，直至帝国覆亡。但不久后的1439年，阿尔布雷希特葬身沙场，遗下一名遗腹子拉迪斯劳斯。奥地利公爵和神圣罗马帝国皇位随后由阿尔布雷希特的一位表亲腓特烈三世继承，拉迪斯劳斯一出生就继承了匈牙利及波希米亚国王（分别称拉斯洛五世/拉迪斯拉夫一世）。但很不幸，这位哈布斯堡幼主很快被人所害，使家族丧失了对匈牙利和波希米亚的统治。1453年11月23日，神圣罗马皇帝腓特烈三世将奥地利公国提升为大公国，使哈布斯堡皇朝乃至奥地利在欧洲的地位都大大提高，也为皇朝的进一步扩展提供了基础，王朝也逐渐步入鼎盛期。散叶欧洲各国哈布斯堡皇室的权势，在马西米连一世统治期间(1493年-1519年)，通过皇室联姻，得以进一步增强。马西米连本人，于1477年8月18日迎娶勃艮地公爵独女玛利。这段姻缘，将属于勃艮第公国的，自法国南部至荷兰的领地统统并入哈布斯堡皇室领地。马西米连的儿子英俊王菲利浦，于1496年，迎娶西班牙女王储胡安娜Mad)，开创了西班牙哈布斯堡王朝。不过，菲利浦将母亲勃艮地公爵的领地也赠与西班牙王室，种下了西班牙王位继承战争的导火线。马西米连的孙子，日后的神圣罗马皇帝费迪南一世于1521年5月25日 迎娶了波希米亚郡主安妮(Anne 次年，费迪南的妹妹玛利亚郡主嫁与匈牙利兼波希米亚国王路易二世，这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。马西米连的儿女，多与外国王族通婚，哈布斯堡王朝在欧洲的影响，大大增强。查理五世称霸欧洲马西米连精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世成为欧洲的霸主。1506年，查理的父亲英俊王菲利浦英年早逝，查理便继承了勃艮地公爵一职，成为了西属尼德兰(今日的荷兰和比利时)的首位统治者。1516年，查理的外祖父，西班牙国王费迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、撒丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治领域。1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马西米连一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的管治。此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及奥斯曼帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子菲利浦王子，而在奥地利的是他的弟弟费迪南大公。虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战一直继续。重夺匈牙利波希米亚1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王路易二世与奥斯曼土耳其苏丹"奇迹王"苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军战胜匈牙利军，路易不幸战死沙场。但奥斯曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公费迪南以路易的姐夫身分继承匈牙利和波西米亚国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亚(今日波兰南部)也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。王朝分家1556年，查理五世自觉年老，因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。奥地利哈布斯堡皇朝1556年，查理五世将奥地利大公之位让与其弟匈牙利及波希米亚国王斐迪南一世，并立斐迪南为神圣罗马帝位的继承人。但根据查理的遗嘱，斐迪南及其子裔丧失了继承为西班牙国王的权利。此举使斐迪南成为了奥地利哈布斯堡皇朝的首位君主。自此，奥地利哈布斯堡皇朝统治奥地利，匈牙利及波希米亚直至1740年，历10代君主，这二百多年亦是欧洲历史上战争最多的时期。西班牙哈布斯堡王朝1504年卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉病逝。由于，她与阿拉贡国王斐迪南二世所生的儿子都不幸夭折，在伊莎贝拉身故以后，女王储胡安娜继承卡斯蒂利亚王位。神圣罗马皇帝马西米连一世的儿子菲利浦以胡安娜的王夫的身分，和岳父费迪南一起监国。1516年，费迪南病逝后，胡安娜和菲利浦的儿子，西班牙兼奥地利王子查理(西班牙文名:卡洛斯)继承西班牙(卡斯蒂利亚和阿拉贡)王位，是为卡洛斯一世其后于1556年将西班牙王位让与其子菲利浦二世，并废除了菲利浦及其后裔继承奥地利爵位的权利，正式揭开了西班牙哈布斯 。
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